在遥远的未来，一班时间罪犯进行非法行为使历史也被错乱修改，所以地球也成立了公共机关“时间保护局”，来监视这些非法篡改历史的罪犯，并将他们用“冷冻压缩”的刑罚绳之以法，这时“时间保护局”收到报告，在隆德监狱所有罪犯的手下假扮成守护者，趁被冷冻之际，则趁机杀害所有的时间守护者，然后将隆德监狱据为己有，并组成了犯罪集团“洗钱帮”引诱时光机器进行时光旅行，时间设定为来到公元2000年的日本。 四位来自公元3000年的时间守护局成员优理、土门、绫濑、席恩，为追捕逃走的时间罪犯唐‧多尼洛与其“洗钱帮”的党羽，与时间保护局战队队长龙也（リュウヤ）[1]来到一千年前的二十世纪，但原来眼前的龙也队长竟是洗钱帮的莉拉（リラ）所假扮，加上时光机受到破坏暂时回不了未来世界，洗钱帮也开始为了金钱四处作恶，但是手上的五个时间变身器“Chrono Changer（クロノチェンジャー!）”启用时必须要有五名使用者同时起动，所以四人将误打误撞来到时光机坠毁的海滩，与龙也长相一模一样的20世纪人浅见竜也拉进阵容中，开始了时连者逮捕洗钱帮归案的战斗。 其后浅见竜也为了摆脱家族带来的困扰而离家，与四位未来人在东京都品川区的一个房子住下来，成为时连者的基地，又因脱离家族没有经济来源，所以成立了“TOMORROW RESEARCH”，开始做起万事通（替委托人承担各类工作）的生意。后来又出现了新的机器人与变身器，加上竜也的旧友泷泽直人，也成了拥有与时连者同等力量的竞争对手。 但随着局势发展，竜也他们渐渐发现原来打从一开始，就有意想不到的阴谋正在酝酿……
在忍之谷附近的一个山洞，发现不明物体似向某个地方传达讯息......另一 边在疾风流忍术学校忍风馆，馆长日向无限斋为应付五百年一次的忍术比试，开始教导众学员。突然间发生地震，结界被破坏，宇宙忍群邪神者出现并将所有疾风流学员杀光。幸好无限斋的女儿胧把残存的三名学员鹰介、七海及吼太救出，并任命他们成为传说中的继承人Hurricanger (忍风战队) 。 邪神者为了得到“那个”，忍风战队便阻止他们。在战斗期间出现了两名神秘战士，他们自称为轰雷者，原来是另一 派迅雷流生还的霞兄弟，但是他们憎恨疾风流并以他们为敌。为了达到邪神者同一目的，于是不断刁难忍风战士。后来他们因被利用而心心不忿，和得到鹰介三人体谅，最终两大流派一起联手对 付邪神者，并成功消灭其中一名宇宙忍者。 五位忍者战士受了中忍一击，生命危在旦夕，接近死亡边缘之际，绿之光弹手里剑者及时出现救活他们， 因为他的出现，不知道其身份只靠变装执行任务，他的主人就是宇宙统一忍者流的始祖觉罗。所有宇宙忍者被击败， 其后“那个”迫近，鹰介及忍者们全力去阻止地球变成黑暗世界。 经历战事过后，这班年青忍者明显成长了，忍术学校的毕业典礼顺利完成。
