在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
「魔法少女――それは強くて、格好良くて、しなやかで。誰もが憧れて、高給取りで、人気が高い、立派なひとつの職業だ」 内定がもらえず就職活動に苦戦中の女子大生?桜木カナ。 「自分は社会に必要とされていない」と自信を喪失していた彼女は、 ある日、面接先で“怪異”と呼ばれる自然災害に巻き込まれてしまう。 その窮地を救ってくれたのは、ヤンキー気質の魔法少女?越谷仁美――。 持ち前の記憶力で、“怪異”と戦う越谷を手助けしたカナは、 魔法少女としての才能を見出され、ベンチャー企業?株式会社マジルミエに新卒入社！ 人の命と仕事への責任を胸に抱き、社会人として、そして魔法少女としての一歩を踏み出すのだった――
