《上帝未死》讲述的是一位名叫乔什·惠顿的年轻人捍卫其对上帝的信仰的故事。乔什是一名大一新生，他的教授告诉学生们“上帝死了”，并要求学生们签署一份关于“上帝死了”的声明才能及格。而乔什拒绝签这份声明，并不得不接受证明“神活着”的挑战。
故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
一系列看上去似乎毫无关联的犯罪事件从西藏延伸至印度再到德国。夏洛克·福尔摩斯已经离开两年了，但一些人不太确信他已经死了……
一栋公寓深夜时突然发生火警爆炸，期后发现了一具烧焦女尸属于年轻女生言贞（邓丽欣 饰）。言贞死了，世上还有一位叫林音的女人。二人除了外貌出奇相似，性格、背景却完全没有任何关连，但她们偏偏爱上了同一个男人——卢路（刘以豪 饰）。一切都看似是一场意外，背后却埋藏了一段跨越十多年的爱恨交缠。卢路与言贞是青梅竹马的朋友，十多年前意外把言贞母亲杀死。弥天之罪没被揭发，命运始终迫使两人分开。十多年后，言贞、卢路再次在大城韍里遇上，她发现卢路的现任女友林音，跟自己的样子出奇相似，一场有预谋的谋杀掀起了序幕……言贞被意外烧死后，卢路发现枕边人林音开始变得不寻常，一种既熟悉又陌生的感觉，不时在心中想着她是谁？一宗离奇命案，两段吊诡的命运，揭开了复杂的人性对决与最后救赎……
