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毒液和埃迪（汤姆·哈迪 Tom Hardy 饰）迎来至暗时刻。一边是人类神秘组织的穷追猛打，一边是外星共生体大军入侵地球，他们一心同体，花式解锁海陆空作战新形态。面对两边的疯狂追捕，这对亡命搭档将被迫做出毁灭性决定，为他们的最后一舞拉下帷幕。

故事发生在瑞典，弗兰克（乔尔·金纳曼 Joel Kinnaman 饰）所住的公寓发生了一起入室抢劫案，弗兰克出于自卫，杀死了歹徒，一下子，他因为他的身份而被推到了舆论的风口浪尖之顶。无奈之下，他只得带着家人找到了特警约翰（雅克布·伊库伦德 Jacob Eklund 饰）向他求助。 　　那边厢，黑帮老大怀疑弗兰克是警方卧底，于是找到了和弗兰克有过合作的商人赛斯（延斯·赫尔腾 Jens Hultén 饰），逼问他弗兰克的下落，想要将他除之而后快。与此同时，弗兰克也受到了当局的威胁，要求他接受不合理的条约，否则就要令他成为国际通缉犯。

神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。                                                                      　　在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。                                                                      　　出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。