一名代号 13 的杀手在一次任务中险些失手，之后她被自己所属的组织“阴影”所停职。在一段时间后，这位杀手遇到了Monji，一个不幸失去母亲的小男孩。在Monji意外失踪后这位杀手开始了寻找Monji的路途，她甚至不惜对抗她所属的组织。
人烟稀少的山间路上，男人（卢克·伊万斯 Luke Evans 饰）和妻子驾驶驾驶汽车漫无目的前行。途中他们在小酒馆休息，遭到弗林（德里克·迈戈雅 Derek Magyar 饰）等匪帮的骚扰。当再次上路时，弗林一众突然驾车袭击了这对夫妇，并将他们掳回自己的巢穴。 恶毒的匪徒在男人面前残忍杀害了其妻子，令人备感意外的是男人突然豹变，轻松干掉行凶的恶徒。与此同时，匪帮在夫妇的车中发现一个被捆绑起来的女子，对方是在一起震惊全国的血型杀人案中失踪的艾玛•沃德（阿德莱德·克莱蒙丝 Adelaide Clemens 饰）。 形势急转直下，人多势众的匪帮反倒成为被猎杀的目标，也许他们惹到了实在不该惹的一个人……
幕末时期，时局动荡，暗流涌动。甲州武士机龙之助（仲代達矢 饰）剑术绝伦，却拥有一颗邪恶阴暗之心。在一次剑术比赛前夕，对手宇津木文之丞（中谷一郎 饰）的妻子阿滨（新珠三千代 饰）恳求他败给丈夫，甚至不惜委身于他。然而在次日的对决中，龙之助仍然以绝对优势杀死文之丞。在此之后 ，他和被休的阿滨离开甲州，浪迹江湖。两年后，他以杀手身份加入新选组，替幕府斩杀反抗义士。在此期间，文之丞弟弟兵马（加山雄三 饰）也来至江户，并拜入剑豪岛田虎之助（三船敏郎 饰）的门下，等待为兄长报仇的良机。宿命的相逢无可避免…… 本片根据中里介山同名原著中“甲源一刀流の巻 - 03 壬生と島原の巻”部分改编。该小说在报纸上连载23年，被称作“世界上最长的历史小说”。
