一切悲伤都不过是年光的作祟，终将会被时间给冲刷，未来又会是怎样？上世纪90年代，陈闵和丈夫林柱育有一个女儿林云，可是夫妻二人迫于传宗接代的压力不得不生下了儿子林钦年，转眼间林钦年长大了.....
乔（华金·菲尼克斯JoaquinPhoenix饰）有着非常悲惨的过去，他的父亲是一个暴力狂，总是无端对乔和他的母亲（朱迪思·罗伯茨JudithRoberts饰）施以拳脚。如今，乔和母亲过着相依为命的生活，有过参军经历的他在退伍之后成为了联邦调查局的探员，之后又开始干杀手的勾当，“经纪人”约翰（约翰·道曼JohnDoman饰）打理着涉及到乔工作的方方面面。某日，一位州参议员找到了乔，希望他能够去拯救他的女儿妮娜（叶卡特琳娜·萨姆索诺夫EkaterinaSamsonov饰）。刚开始，乔只把它当做是一个寻常的任务，但随着时间的推移，乔渐渐在其中发现了猫腻，并且开始怀疑起了州参议员的真正动机。
卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……
