工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
故事发生在樱丘高中内，在开学典礼上，合田美樱（丰崎爱生 配音）和芹泽春晖（铃村健一 配音）相遇了。四散的樱花雨中，两人的身影在彼此的眼中留下了深深的烙印。之后，姻缘的红线将两人紧紧的联系在一起，他们一起上学放学，一起吃午餐便当，在天台上闲聊打发时光，虽然周围的朋友们都认为两人已经是在交往的情侣了，但只有他们两人自己知道，在两人之间，依然存在着无法跨越的鸿沟。 美樱是美术部的成员，在画画时往往沉浸在自己的世界中无法自拔。而春晖则加入了电影研究部，个性开朗乐观的他喜欢和朋友们聚在一起讨论当下最流行的电影。这个世界上存在着相互喜欢但无法表白心意的人吗？
