明朝大将军贺英利用时空金球终于重返明朝，与锦衣卫兄弟萨獒获悉了倭寇和朝廷奸党之间足以倾覆皇权的密谋，绵延400年的惊天危机一触即发。贺英也在红颜知己小美的帮助下开始了抗倭锄奸和保护族人的战斗。
怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。在此之后，大地下落不明，艾克斯奥特曼值得拜托SSP和红凯（石黑英雄 饰）寻找大地。另一方面，时刻企图将美丽的东西变成宝石据为己有的邪恶外星女魔头穆鲁娜奥，而今正打算把地球变成宝石。与此同时，暗黑军团伽古拉也蠢蠢欲动。地球面临最大的危机…… 本片在日本国内61块银幕上同时公映，首周初登场观众满意度排名第一位。
