《白玫瑰在行动》讲述第二次世界大战期间，德国慕尼黑玛克西米利安大学的索菲等几名大学生，为了推翻法西斯统治和结束战争，建立了一个名为“白玫瑰”的抵抗组织。他们印刷、散发传单，号召德国人民起来反对纳粹，并开展种种破坏活动。渐渐的这支“白玫瑰”小组影响力扩大，得到了许多学生的支持，然而盖世太保是不会让这支“白玫瑰”继续绽放的。
Mark哥（周润发 饰）和志民（梁家辉 饰）是堂兄弟，两人是越南华侨，现正在香港发展。岂料越战打响，两人都十分担心仍然居住在越南西贡的志民的父亲松叔的安危，为了凑足钱将志民父亲接到香港，两人决定帮当地黑帮走私军火到越南。岂料他们在越南遭到了丧邦的伏击，关键时刻幸亏香港黑帮老大的女友英杰（梅艳芳 饰）及时相救，两人才幸免于难。逃过一劫的三人在西贡渡过了一段快乐时光后，英杰辞别了两人。随后Mark哥和志民将松叔顺利接回了香港。回港后，两人过着安稳平静的生活，只是一直都没有打听到恩人英杰的消息。突然有一天，英杰出现了，重逢令三人都十分开心。只是，一场祸事也在悄悄逼近……
马来西亚爆发神秘传染病，当地药业公司AMANAH研究的特效药MD5成为救助病患的神丹妙药。可是一直跟踪报道该疾病的记者宋丹文意外死亡，跟着AMANAH总裁张日善（郑则仕 饰）的儿子在办公室自杀身亡。经警方调查，张公子纯系他杀。与此同时，张公子的妻子彭珍美（周秀娜 饰）秘密跑到香港，她随身携带的机密引起多方势力的争抢。香港警察王大伟（吴镇宇 饰）与马来西亚皇家警察警长李永勤（张智霖 饰）接头，协助调查这一系列案件。不久后，王大伟收到一段视频，视频录制者自称“泄密者”指控AMANAH是绝命病毒的始作俑者，而张日善的二儿子更落到他们手中。 与死神争分夺秒，李永勤和王大伟展开夺命追查……
