在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
科技发达的机械化理想国度，帝国。驱使超自然力量·星灵术，作为“魔女之国”受人畏惧的涅比利斯皇厅。两国的漫长战争仍在持续。 帝国最强战力伊思卡和别名“冰祸魔女”的皇厅公主爱丽丝莉洁在激战中逐渐了解对方的真心，被对方的人生理念和理想所吸引，成为了劲敌。 二人在独立国家阿尔萨米拉粉碎了帝国和皇厅的阴谋，约定改日再见后，走上了各自的道路，却以意外的形式实现了约定。 伊思卡和爱丽丝的妹妹希丝蓓尔达成交易，作为她的护卫潜入了皇厅。爱丽丝为了寻找希丝蓓尔，来到了皇厅的都市里斯伯登。 偶然的重逢让二人的内心燃烧得更加激烈，然而与此同时，帝国的间谍“纯血种·受试体E”在皇厅内部暗中活跃，帝国的“特殊任务·女王捕获计划”即将启动。 伊思卡和爱丽丝的关系面临撕裂，他们究竟能否对抗这一命运。
擅长机甲骗术的秦明，被擅长解谜的白齐拉去当金吾卫，成为辟火司的救火员，在雷火案中结识了兵马司的“一姐”荆一飞，三人组成探案小队，不仅要拨开层层迷雾，更了解了各自的身世，以及身为金吾卫的职责和意义。
继《古墓丽影》电子游戏的生存三部曲（2013 年的《古墓丽影》、2015 年的《古墓丽影：崛起》和 2018 年的《古墓丽影：暗影》）大获成功之后，此动画剧集将讲述这位环游世界的女英雄的下一篇章，以及她如何最终成长为那个经典的古墓丽影角色。在第一款游戏问世 25 年之后，劳拉·克劳馥仍在继续探索新的领域。
