真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
魔贾斯事件已经过去，却又来了新的危机。他就是阿格果。阿格果的邪恶计划是要吸取五个独特异形的神奇能力，透过他们集结起来的力量，让阿格果变得威力无穷，邪恶的破坏阴谋便可得逞。另外，田小班可变身成异形英雄的秘密，被媒体广为报导，现在的小班成为家喻户晓的国际大英雄，深受世界各地的小孩爱戴。不过同时也有很多成年人不相信他，怀疑他真正的能力。成了国际知名的超级英雄，小班必须学习如何面对狂热的粉丝，还有那些视他为麻烦的大众。幸好，田小玟和凯文总是在小班的身边陪伴他。
