1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
魔贾斯事件已经过去，却又来了新的危机。他就是阿格果。阿格果的邪恶计划是要吸取五个独特异形的神奇能力，透过他们集结起来的力量，让阿格果变得威力无穷，邪恶的破坏阴谋便可得逞。另外，田小班可变身成异形英雄的秘密，被媒体广为报导，现在的小班成为家喻户晓的国际大英雄，深受世界各地的小孩爱戴。不过同时也有很多成年人不相信他，怀疑他真正的能力。成了国际知名的超级英雄，小班必须学习如何面对狂热的粉丝，还有那些视他为麻烦的大众。幸好，田小玟和凯文总是在小班的身边陪伴他。
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