车顺奉（柳东根 饰）的妻子很早就过世了，留下了三个孩子车康心（金贤珠 饰）、车江宰（尹博 饰）和车达峰（朴炯植 饰）。经历了数不清的艰苦岁月，车顺奉总算是把三个孩子给拉扯养大了，然而，随着时间的推移，车顺奉发现自己和孩子们之间的关系却越来越淡漠。 车康心是职场上的女强人，尽管事业经营的风生水起，但感情生活空白的她免不了遭受他人的风言风语。车江宰即将到来的幸福生活被一个他毫不知情的“私生子”给全部打乱。车达峰庸庸碌碌，却情场得意。当车顺奉得知自己患上了绝症时日无多之时，他决定使用“不孝诉讼”，给自己的孩子们上最后一堂课。
心医叶平安（刘诗诗 饰）为一桩旧案寻至圣都，因擅用心计，被人视作“巫女”，人人避之不及。大理寺丞元少城（窦骁 饰）出身邙沟贱民区，他冷峻狠戾，时刻抓住机会向上爬。此时，圣都突发命案，一朝廷命官惨死家中。叶平安曾为其治疗失眠顽疾，且正好出现在命案现场，因此被视作杀人凶手。元少城看出此案蹊跷，但仍将叶平安置于死地，以作自己晋阶的“投名状”。可任谁也想不到，叶平安早已在她的复仇之路上，下出了布局的第一颗棋。
《零日风暴》向所有人提出了一个问题：如果世界变得危机四伏，就像已被我们无法控制的力量撕裂，我们该如何找到真相？而在一个阴谋论和诡计盛行的时代，这些力量中有多少是我们自己造成的，甚至是我们自己想象出来的？
