《爸爸好奇怪》讲述了在一生只知道工作和家庭的勤恳父亲卞汉秀和支持他的妻子罗英实以及充满个性的四兄妹的家庭中，因一名青年的突然闯入，并声称自己是这个家的儿子而发生的温暖搞笑故事。
因为太子在“朝鲜之役”上所表现出的高瞻远瞩的智慧，万历对太子的态度大大改观，率众人到太子府看望自己的皇长孙。宴席之上，三皇子主动要求速速离开京城，到洛阳就封，众人大感疑惑。辞行宴上三皇子早早酒醉，原来是想借此机会带姚芊芊私奔，不想被金碧瑶破坏。知道三皇子和姚芊芊私情的王恭妃决定有所行动。王恭妃设计让金碧瑶假怀孕，姚芊芊在郑贵妃的胁迫下打算除掉金碧瑶腹中骨肉，却掉入王恭妃的陷阱。王恭妃以“善妒”为由，废掉了姚芊芊的太子妃。而一时间关于太子妃红杏出墙的传闻又弥漫京城，万历要王恭妃彻查此事，王恭妃巧妙的将太极推给了郑贵妃，姚芊芊命悬一线，而郑贵妃面对王恭妃步步为营的反攻，已回天乏术，她打算弃车保帅……姚芊芊驾鹤西去，三皇子悲伤不已。郑贵妃准备杖毙朱由桦。兰心为了保孩子周全，不惜与太子吵架。太子生气之下和梅儿一夜缠绵，认为梅儿是最懂他的人。
阿芳（蓝洁瑛 饰）是两个孩子的母亲，这天她却莫名卷入了一起谋杀案。虽然丈夫带着两个孩子四处奔波为她讨回公道，但最终阿芳还是被判了死刑。随后丈夫也抛下两个儿子阿健（黄日华 饰）和阿康（温兆伦 饰）自杀了。云姨虽然只是医院的一名清洁工，收入不多，但不忍心看着两个孩子孤苦伶仃，于是收养了他们，此外云姨还收养了另外两个孤儿，一家五口过着清贫的生活。阿健16岁就为了生计放弃了学业，当了一名出租车司机。阿康十分争气，在大哥的供养下以优异的成绩从香港大学法律系毕业，顺利拿到了律师牌。阿康虽然十分能干，但他为人却十分残忍，为求目标不择手段；而阿健却正好相反，为人十分耿直，在是非面前绝不含糊。两个亲兄弟即将展开一段恩怨情仇！
京师百货小职员沈杏仁（柯佳嬿 饰）最大的梦想就是赚足了钱在台北买房，把住在三峡的妈妈接来一起生活。留美归来的秦子奇（邱泽 饰）是京师百货董事长秦慕白（沈孟生 饰）的儿子，原本以为学成归来老爹会把企业经营权交给自已，可老爹却让他先从基层员工过起，并规定五条细则，若违反其中一条就自行走人。刚开始，心高气傲的子奇对带他的师傅杏仁满眼不屑，但杏仁的那套“职场生存理论”屡屡在关健时刻让他化险为夷，令子奇不由的对杏仁刮目相看。秦慕白暗中观察儿子的变化，他高薪请来知名代理商余承风（温升豪 饰）担仼总经理，此时的子奇已成为女职员心中的白马王子，他敢挑战这个本该属于自己的总经理吗……
