2126年的东京,是一个人工智能优化的城市,一名孤儿少女黑客隐匿其中,因为帮了她唯一的朋友一个忙,无意中卷入了由被社会排挤的摩托车手组成的慈善团伙,通过一起与毒品集团有关的谋杀案调查,揭露了这个看似乌托邦的城市背后的阴暗面。
東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。