三尊苏醒，孙悟空助天神度过危机。西行小队离散后，沙悟净下阴界救师父;八戒在黑水镇因过失而害死人;白狼小羽在恐怖森林收服一虎，又在古城被石兵围困，三藏等人归来解围，却又遇上暗影天王，悟空归队助战。三藏化解亡魂怨恨，西队亦告别故人，继续上路。
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
随着武魂融合技的锋芒消散，切磋赛最终以唐舞麟所带领的一年级组获胜而告一段落。片刻宁静后，一年级生们的期末考试也如期而至。学院提出的种种难题令众人捉襟见肘，唐舞麟等人也不例外。他们使出了各自的看家本领，为通过考试，跌跌撞撞的踏上了明都之行……
拯救将近毁灭的世界不是一件简单的任务。因此，当城之内获得了四人的异国旅行的机会，游戏和他的朋友决定要珍惜这次难得的旅行，大概他们是这么认为的吧！在到达他们的目的地之前，他们的飞机失事，他们到了一个荒芜人烟的森林，遇见了神秘的 Dr. Alex Brisbane。Dr. Alex Brisbane惊奇地发现了，距离埃非常悠远的这个地方，有一个秘密的金字塔，通往另一个世界，胶囊怪兽的世界。 当游戏和他的朋友进入这个金字塔的时候，他们魔法传送到远古生物居住的危险王国，他们在一个神秘的迷宫中迷路,为了要找到通道回家,作了许多试验。 当游戏在生命危险的时候，他把的决斗盘换为 Capsule Shooter，一场生死决斗开始
