妖灵，最初只是出现在小范围的灵异事件中，有无害的善灵，也有危险的恶灵。一百年前，恶灵突然大量增长，肆意屠杀人类。人类数量锐减，挣扎求生，直到拥有妖气潜力，能够操纵妖灵对抗恶灵之人——御灵师们出现。在收容所长大的少年林风和他的妖灵童童一起，在这波诡云谲的时代将何去何从，未来又有怎样的机遇和危险等着他们呢
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
官方宣布第七季
