魔贾斯事件已经过去，却又来了新的危机。他就是阿格果。阿格果的邪恶计划是要吸取五个独特异形的神奇能力，透过他们集结起来的力量，让阿格果变得威力无穷，邪恶的破坏阴谋便可得逞。另外，田小班可变身成异形英雄的秘密，被媒体广为报导，现在的小班成为家喻户晓的国际大英雄，深受世界各地的小孩爱戴。不过同时也有很多成年人不相信他，怀疑他真正的能力。成了国际知名的超级英雄，小班必须学习如何面对狂热的粉丝，还有那些视他为麻烦的大众。幸好，田小玟和凯文总是在小班的身边陪伴他。
吊儿郎当的咸鱼哥，依旧在鱼神岛上享受着平凡且快乐的日常生活。而来自南天门集团的神仙们，为了调查失窃的神牌位，打破了小岛原本的平静。 随着接二连三的意外事件发生，一个个围绕着“鱼神”与“海妖”的谜团，也因为咸鱼哥的意外卷入而慢慢展开。 面对种族的差异和世间的偏见，咸鱼哥将如何用他独特的处事之道，通过这次的考验呢．.
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
