地狱谷不知为何被水填满，水压过大挤破了岩层，让生活在地下世界的鬼族损失惨重。王子阿洛伊斯潜入地狱湖底探查，发现灾难的源头竟来自半个魔女脑袋的眼泪。为了将乱丢脑袋的魔女绳之以法，阿洛伊斯向地面出发了……
在遥远的未来，一班时间罪犯进行非法行为使历史也被错乱修改，所以地球也成立了公共机关“时间保护局”，来监视这些非法篡改历史的罪犯，并将他们用“冷冻压缩”的刑罚绳之以法，这时“时间保护局”收到报告，在隆德监狱所有罪犯的手下假扮成守护者，趁被冷冻之际，则趁机杀害所有的时间守护者，然后将隆德监狱据为己有，并组成了犯罪集团“洗钱帮”引诱时光机器进行时光旅行，时间设定为来到公元2000年的日本。 四位来自公元3000年的时间守护局成员优理、土门、绫濑、席恩，为追捕逃走的时间罪犯唐‧多尼洛与其“洗钱帮”的党羽，与时间保护局战队队长龙也（リュウヤ）[1]来到一千年前的二十世纪，但原来眼前的龙也队长竟是洗钱帮的莉拉（リラ）所假扮，加上时光机受到破坏暂时回不了未来世界，洗钱帮也开始为了金钱四处作恶，但是手上的五个时间变身器“Chrono Changer（クロノチェンジャー!）”启用时必须要有五名使用者同时起动，所以四人将误打误撞来到时光机坠毁的海滩，与龙也长相一模一样的20世纪人浅见竜也拉进阵容中，开始了时连者逮捕洗钱帮归案的战斗。 其后浅见竜也为了摆脱家族带来的困扰而离家，与四位未来人在东京都品川区的一个房子住下来，成为时连者的基地，又因脱离家族没有经济来源，所以成立了“TOMORROW RESEARCH”，开始做起万事通（替委托人承担各类工作）的生意。后来又出现了新的机器人与变身器，加上竜也的旧友泷泽直人，也成了拥有与时连者同等力量的竞争对手。 但随着局势发展，竜也他们渐渐发现原来打从一开始，就有意想不到的阴谋正在酝酿……
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
漫画《缘结甘神家》动画化企划进行中
