公海国际共建的卡俄斯岛环境优美，生态资源丰富，是稀有野生动物的最后一片净土。岛上只手遮天的火种生物科技在与资方的一次交易中，不慎走失了两只基因变异的怪兽，造成了一系列伤人事件。但令人万没想到的是，年轻的生物学家宋楠在调查事件过程中，自己的亲生女儿小婷被怪兽掳走。更令宋楠始料未及的是，这两头变异怪兽竟与自己的前妻周茜暗藏关联。一场搜索、制伏怪兽，拯救小婷的艰巨任务就此展开。在这场争分夺秒的较量中，宋楠却在不知不觉，卷入了一场更大的阴谋……
卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……
