本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
浮云司“影子”卧底陆尘因破坏魔教降神咒受到黑火诅咒，修为尽毁。度过长达十年的流亡隐居生活后，师父天澜再度现身，交给陆尘前往昆仑派寻找魔教卧底的任务，并且为修复受损的五行神盘，陆尘奉命成为昆仑派百草堂的杂役弟子。在执行任务的过程中，他结识了诸多好友与一生挚爱易昕，逐渐感受到人间温暖，同时从种种蛛丝马迹中触及到了昆仑背后的秘密，发现昆仑禁地封印的黑龙并非邪恶魔物，而一直声称为了大义的天澜竟也另有所图。认清事实的陆尘一时迷茫，在易昕的鼓励下决定正视过去，不再拘泥于所谓正邪之分，而要遵从本心行正确之事。
