在忍之谷附近的一个山洞，发现不明物体似向某个地方传达讯息......另一 边在疾风流忍术学校忍风馆，馆长日向无限斋为应付五百年一次的忍术比试，开始教导众学员。突然间发生地震，结界被破坏，宇宙忍群邪神者出现并将所有疾风流学员杀光。幸好无限斋的女儿胧把残存的三名学员鹰介、七海及吼太救出，并任命他们成为传说中的继承人Hurricanger (忍风战队) 。 邪神者为了得到“那个”，忍风战队便阻止他们。在战斗期间出现了两名神秘战士，他们自称为轰雷者，原来是另一 派迅雷流生还的霞兄弟，但是他们憎恨疾风流并以他们为敌。为了达到邪神者同一目的，于是不断刁难忍风战士。后来他们因被利用而心心不忿，和得到鹰介三人体谅，最终两大流派一起联手对 付邪神者，并成功消灭其中一名宇宙忍者。 五位忍者战士受了中忍一击，生命危在旦夕，接近死亡边缘之际，绿之光弹手里剑者及时出现救活他们， 因为他的出现，不知道其身份只靠变装执行任务，他的主人就是宇宙统一忍者流的始祖觉罗。所有宇宙忍者被击败， 其后“那个”迫近，鹰介及忍者们全力去阻止地球变成黑暗世界。 经历战事过后，这班年青忍者明显成长了，忍术学校的毕业典礼顺利完成。
曾折断无数同龄球儿之心的、日本第一的初中生投捕组合·清峰叶流火和要圭，面对来自全国74所名门高校的热情挖角，竟然悉数拒绝、从此销声匿迹……并且出现在一所普通到不能再普通、且没有棒球部的都立高校？背后的原因，竟然是因事故失忆的要圭？ 在不应相遇之处、相遇的天才们——！
