在未来，邪恶的天网率领着宇宙大军想要统治地球，司徒乐率领人类顽强抵抗，天网的部队节节败退。为了扭 转局势，天网派出大量怪兽回到过去，誓要把司徒乐扼杀在童年时期。在屡屡失败之后天网决定亲自回去收拾司 徒乐一行人。天网设下圈套，把司徒乐和钢铁飞龙送进《山海经》中的异世界，并驾驶亲手打造的机械山海怪兽，对司徒乐 他们发动猛攻。孤立无援之际，司徒乐和钢铁飞龙从《山海经》残页中发现了一股神秘的力量，并在这股力量的 帮助下召唤出了全新的山海神兽机甲。面对险象环生的山海世界，司徒乐和钢铁飞龙驾驶着全新的神兽机甲，一 次次击退了天网的怪兽，踏上了漫漫回家之路。乐乐与扶桑一战，出现了与现实世界中，跟丁佳宜极为相似的角色，危急情况下，救下乐乐，并触发了某种能 量，让钢铁飞龙5个机器人成功合体。打败扶桑的同时，也为下半部的故事发展留下悬念。
邪章现，魔册十变；道劫起，龙战千里。 末天阎劂造烽烟，寰定乾坤命太玄。 六蚀天相．炼吾邪宗 太玄封羲挟寰界之力席卷苦境，两大弟子峥嶽天子、净华神秀各显奇能，天下道门在迅雷攻势下，望风披靡，首徒静涛君更成为冷酷的杀伐利器，无情针对过往同袍；邪道炼吾宗崛起，身负十变魔册的陆苍绝，张狂无伦，颠倒苍生，江湖化炼狱，生死皆无间。 龙脑非道．侠义不孤 龙脑青阳子重纳战龙之力，掌挽狂澜，风雨飘摇乱世中，圣龙口屹立不摇，更得古鲮族不世剑者襄助，捍卫中原不遗余力；道剑剑非道重建道镇伏魔崖，巍峨独立于冰雪世界，却未置身事外，太上府开拔匡世，道灯照破无边黯夜，刀剑护生一步侠途。 天心独行．玄门双擘 六一天心垣，昔日道门正宗魁首，是道劫传说的开端亦是终结之地，但宿怨仍在，恩仇未泯，垣主云梦襄瑛，率领双宗别参辰、识天枢，誓要终结太玄封羲的阴谋；面对滔天邪祸，神秘莫测的独行道，...
城北大学学生·筑波洋在练习滑翔机的时侯帮助了被不明组织追赶的改造工学者·志度博士。博士曾是与企图征服世界的组织·新修卡的合作者，但由于组织的残忍做法而令博士的良心受到谴责，从而选择逃离新修卡。洋为了匿藏博士而被新修卡的怪人打至垂死。博士为了救活洋而回到了新修卡，并把洋改造为改造人。 复活后的洋与博士一起逃离了新修卡。而为了保护人类，洋变身了，博士将变身后的洋称作“假面骑士”。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
