凭借魄力和勇气，凡体少年萧云在顿悟系统的帮助下，参加神体大能争夺大帝资格的战斗。可是，百万年前的大帝为何认识他！？未来的他为何留下笔记！？顿悟系统的真正来历又是如何！？所有平行世界将面临巨大危机，唯一拯救者是被众神召唤而来的地球少年！
随着武魂融合技的锋芒消散，切磋赛最终以唐舞麟所带领的一年级组获胜而告一段落。片刻宁静后，一年级生们的期末考试也如期而至。学院提出的种种难题令众人捉襟见肘，唐舞麟等人也不例外。他们使出了各自的看家本领，为通过考试，跌跌撞撞的踏上了明都之行……
在未来，邪恶的天网率领着宇宙大军想要统治地球，司徒乐率领人类顽强抵抗，天网的部队节节败退。为了扭 转局势，天网派出大量怪兽回到过去，誓要把司徒乐扼杀在童年时期。在屡屡失败之后天网决定亲自回去收拾司 徒乐一行人。天网设下圈套，把司徒乐和钢铁飞龙送进《山海经》中的异世界，并驾驶亲手打造的机械山海怪兽，对司徒乐 他们发动猛攻。孤立无援之际，司徒乐和钢铁飞龙从《山海经》残页中发现了一股神秘的力量，并在这股力量的 帮助下召唤出了全新的山海神兽机甲。面对险象环生的山海世界，司徒乐和钢铁飞龙驾驶着全新的神兽机甲，一 次次击退了天网的怪兽，踏上了漫漫回家之路。乐乐与扶桑一战，出现了与现实世界中，跟丁佳宜极为相似的角色，危急情况下，救下乐乐，并触发了某种能 量，让钢铁飞龙5个机器人成功合体。打败扶桑的同时，也为下半部的故事发展留下悬念。
故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
