为了拯救死去的程小时，陆光回到了最初，沿着命运的轨迹重新开始。然而一张载着程小时父母线索的照片出现在时光照相馆，为查明真相，陆光怀着忐忑的心情与程小时前往英都。看似友善的当红模特夏斐，举止乖张的唐人街之首Vein，还有神秘现身的刘枭……面对怀揣不同目的的人们，陆光能否打破那注定的死局？
魔贾斯事件已经过去，却又来了新的危机。他就是阿格果。阿格果的邪恶计划是要吸取五个独特异形的神奇能力，透过他们集结起来的力量，让阿格果变得威力无穷，邪恶的破坏阴谋便可得逞。另外，田小班可变身成异形英雄的秘密，被媒体广为报导，现在的小班成为家喻户晓的国际大英雄，深受世界各地的小孩爱戴。不过同时也有很多成年人不相信他，怀疑他真正的能力。成了国际知名的超级英雄，小班必须学习如何面对狂热的粉丝，还有那些视他为麻烦的大众。幸好，田小玟和凯文总是在小班的身边陪伴他。
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
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