1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
故事发生在人类与魔法师势不两立的两个世界中。 人类居住在名为「洞穴」的城市中，而崇拜恶魔的魔法师则居住在「魔法师的世界」中。魔法师称人类为「废物」，人类则称魔法师为「怪物」，彼此仇视。魔法师利用自己的魔法制造出连通两个世界的「门」，以「洞穴」的人类作为练习魔法的实验品，而饱受其害的洞穴居民亦大肆反抗着魔法师。主人公开曼就是「洞穴」的魔法被害者之一，开曼因为魔法的缘故头部变成了蜥蜴，同时失去了一切记忆。然而开曼的身体却因此拥有魔法无效的免疫力。为了追寻记忆并恢复原来的长相，开曼与好友二阶堂开始了狩猎魔法师的行动。而「魔法师的世界」的杀手也出现在「洞穴」中，厮杀一触即发……
