女王曼多拉统治着叶罗丽仙境，因为人类大肆的破坏自然环境，使其严重影响到了仙境的存亡与仙子的安危。曼多拉仙子认为人类都是自私自利爱破坏，不相信人类会自觉变好保护环境，所以想统治人类世界，将人类变成她的奴隶，重新治理被人类严重破坏的掉的自然环境。而辛灵仙子则认为人类会自己觉悟拯救环境，所以带领着勇敢的叶罗丽战士，与曼多拉仙子作斗争。
故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
讲述地狱的恶魔公主Charlie Morningstar开了一家客栈来救赎罪人，以缓解地狱的人口过载危机。
冒险家赤间健一在德国探险时发现了一个大洞穴，洞穴通往一座建在附近的城堡。在城堡里面，赤间救下了被一群神秘人袭击的本乡秀树博士。本乡博士是未来科学研究所的领导人，而袭击他的人隶属毁灭了数个文明的暗黑科学帝国Death Dark。 与此同时，Death Dark建造的机械岛·暗黑巨大城死亡乌托邦从海底出现，开始征服世界。本乡博士为了粉碎Death Dark的阴谋，在此前已准备组成一支战队。经过电脑的挑选，赤间健一、黑田官平、青山三郎、黄岛太、桃园美树成为大战队的队员。正与邪的较量一触即发……
New York, same mission.
