冒险家赤间健一在德国探险时发现了一个大洞穴，洞穴通往一座建在附近的城堡。在城堡里面，赤间救下了被一群神秘人袭击的本乡秀树博士。本乡博士是未来科学研究所的领导人，而袭击他的人隶属毁灭了数个文明的暗黑科学帝国Death Dark。 与此同时，Death Dark建造的机械岛·暗黑巨大城死亡乌托邦从海底出现，开始征服世界。本乡博士为了粉碎Death Dark的阴谋，在此前已准备组成一支战队。经过电脑的挑选，赤间健一、黑田官平、青山三郎、黄岛太、桃园美树成为大战队的队员。正与邪的较量一触即发……
故事聚焦惹人爱的废柴风筝人，他和新女友金色滑翔者兼职充当罪犯，以支持他们愚蠢的购买项目——哥谭最乌烟瘴气的廉价酒吧Noonan’s。在Lex Luthor的“末日军团”阴影下开一家酒吧，让风筝人和金色滑翔者的关系进入到了下一个阶段。没有人说过在阿卡姆疯人院之外为最危险的恶棍们提供啤酒会很容易，但有时候你会想去一个人人都知道你名字、人人都知道如何藏尸的地方。
東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
