突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
「变成女生的狮音什么的…超级兴奋啊」 狮音和瑠依是搭讪成功率No.1的黄金组合。 今晚本来也要和女孩子一起打情骂俏的，但狮音被来历不明的女生下药了。 数小时后，一觉醒来居然变成了女生！？ 另一边，来找迟迟未归的狮音的瑠依，一看见女孩子姿态的狮音，雄性开关就打开了。 在没察觉到她是狮音的情况下就开始泡她了… 又蠢又可爱的性转恋爱喜剧开始了！！
作为最底层职业【鉴定士】出生的艾因一直过着最底层的生活。 在一次冒险中，遭遇大量地狱猎犬，同伴为了活命而把艾因当做了诱饵。 本因就这么结束生命的艾因遇到了她，从此艾因的命运发生了巨大的变化。
