在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
该剧将探索蝙蝠侠的黑暗根源，同时更深入地挖掘那些标志性角色的心理。
在剧中，原来砍伐树木的光头强变身成为一名导游，在熊大、熊二的帮助下，去往森林深处找寻儿时玩伴东北虎，但不料森林里蜘蛛、毒蛇、反派与陷阱等危机四伏，让找寻变得困难重重，而新加入的女性角色鬼马精灵赵琳，又让这段冒险旅程更加刺激精彩。众人齐心协力，在艰难险阻中一路向前，给人以出乎意料的想像空间与观看感受。
