基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
“前世と現世が交錯する――異世界転生ファンタジー新章開幕!! 幼い頃に母を殺され、スラム街の孤児となった少年リオ。七歳のある日、彼の中で不慮の事故で死んだ日本の大学生《天川春人の記憶》が甦り、同時に《膨大な魔力》が覚醒した。 それから様々な出会いと別れを経験したリオは、両親の故郷で母を殺した宿敵への復讐を胸に誓う。 数年の旅を経てシュトラール地方へと舞い戻ったリオは、望まぬ政略結婚を強いられていた恩師セリアを救出。だが、その直後、突如として出現した光の柱に導かれるようにして、彼は己が前世である天川春人の初恋の少女?綾瀬美春と衝撃的な再会を果たす――
