《打黑重案组》故事发生在南方市，当地的公安局打黑重案组遭遇到一桩棘手案件。在破案过程中，重案组受到各种各样的阻挠，案件侦破几度中断。但公安局长和乾警们不为困难所阻，不顾自己和家人所遭受的苦痛，坚持调查最终查清案情，一举打掉了南方市的黑恶组织。 2006年初秋，滨州市、香港乔氏地产公司驻滨州市项目代表郑天京被人在住所谋杀，他的尸体当晚被埋进了工地垃圾堆中…… 市公安局长陆啸天(卢奇饰)命刑警支队重案组长刘英来(祝延平饰)率重案组成员姚晃(吴樾饰)、依蔓(李依蔓饰)和飞飞(马丁诺饰)赶到案发现场投入侦查工作。重案组严格对死者死亡时间保密，发现死者与龙心集团董事长张伟及其部属有密切联系。张伟出身黑社会团伙，掌控滨州市黑白两道…… 同时，被刘英杰逮捕的杀手大脚(李槐龙饰)从服刑地新疆脱逃，潜回滨州市，被老大张伟窝藏起来。大脚仇视刘英杰，打算干掉刘英杰……重案...
陈峰自小品学兼优，无论在面对任何人生关都保持最佳状态迎战。峰在外界眼中是人生的大赢家; 他事业有成，也继承家族所留下的家业，更与大学时期所结识的女友，苏婉怡建立起美满的家庭。直到有一天，怡的家中发生了一宗迷离命案，在案发现场的怡，因脑部受到撞击，深度昏迷，而这宗命案最重要的线索更被怡目睹一切。一向人生顺风顺水的峰，发现自己完美的人生不再完美，两夫妻的关系也慢慢开始改写。 在怡昏迷的期间，峰在工作上结识了非常合拍的下属，江紫珊，开始与珊日久深情，展开了地下情。此时，峰也开始发现自己对怡原有的感情已有了变数，开始对怡的病情不闻不问，令怡的学弟兼见习督察，纪杰轩起疑。轩发现峰曾在七年前所发生的命案录了假口供，开始暗中调查峰并决定为怡的至亲翻案。 当峰决定与珊移民到国外过二人世界时，收到怡终于从昏睡中苏醒的通知，发现怡已失去所有记忆。峰在此时决定暂时放下与珊...
这日，飞鱼山庄弟子叶梦色（杨怡 饰）和宋晚灯（郭耀明 饰）马不停蹄的赶到聚贤镇去阻止黑白两道的仇杀，因为黑白两道每五年一次的金印之战在即，他们闻识黑道将派人刺杀白道参战的高手。岂料他们刚到那里，黄山派高手丘断刀就被人击杀，令人意外的是，求死大师却自认是杀人凶手。求死大师的好友神相李布衣（林文龙 饰）为了调查真相，还好友一个清白，于是着手调查这宗悬案。布衣发现了一位行踪神秘的蒙面人，还得知他曾打听雁荡派高手秦燕横的下落，心感不妙的布衣马上跟踪蒙面人。布衣跟总蒙面人来到戏院，发现了在场的秦燕横，布衣为了阻止秦燕横被杀，和蒙面人大打出手，不料这时一阵狂风吹过，秦燕横竟然心脏破裂而死！随后，布衣在秦燕横身上发现了医神的一线针，令事件越发迷离！
