长海市巡特警支队女子小队“蜂鸟”在协助一位年轻的母亲解决家庭纠纷时，发现了毒品交易的线索，后配合禁毒支队抓获毒贩“小丑”，救出三名被囚禁的少女。但随后的恶夫报复案、待业青年寻仇案、高材生运毒案都与曾经的吸毒人员有关，这让队长叶蓁和禁毒支队队长祝淮阳意识到长海市地下埋着一张贩毒网络，亟待清剿。舞蹈生陈允儿和母亲艾莲曾被“蜂鸟”解救，母慈女孝，但再次出现在警方视野中时，却与祝淮阳追查到的贩毒窝点仅有一墙之隔，陈允儿母女成为揭开真相的突破口。最终，犯罪分子的制毒窝点暴露，被“蜂鸟”小队和缉毒警团团包围，贩毒组织被一网打尽。
午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事…… 《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。
