午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事…… 《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。
本故事发生在在1945年初，一架运输飞机装载着最新密码机和密钥本运往日本。我国北方某省团城，我军独立三团团长刘建功（王新 饰）正带领三团，在团城外围狐牙岭一带，与据守团城的八重带日军生死搏斗着。装载着密码机和密钥本的日军运输机在经过虎牙岭上空时，正好赶上狐牙岭土匪头子雷子枫（吴奇隆 饰）母亲大寿，雷子枫为给母亲听个响，在实验着的大炮竟歪打正着击中了运输机。正好落在了正在虎牙岭守猎的石敢当（谢孟伟 饰）和爷爷面前，石敢当意外得到密码箱。这时，取的战斗胜利的刘建功也奉命赶到飞虎岭和特派员上官于飞（甘婷婷 饰）寻找密码箱和密钥本，并很快发现了密码本。这时日军也赶到了......
乔伊（马特·理勃兰MattLeBlanc饰）和瑞秋（詹妮弗·安妮斯顿JenniferAniston饰）的恋情维持不久就发现彼此不适应身体上的交往，决定只做朋友。迈克克服自身障碍的迈克终于向菲比（莉莎·库卓LisaKudrow饰）求婚，两人终成眷属。钱德勒（马修·派瑞MatthewPerry饰）和摩妮卡（柯特妮·考克斯CourteneyCox饰）的代孕母亲艾瑞卡生了一对龙凤胎，Jack和Erica。瑞秋通过马克的介绍决定前往巴黎工作。朋友们为她举行了告别派对，除了罗斯（大卫·休默DavidSchwimmer饰）她轮流跟朋友们告别。而此时罗斯意识到自己仍然爱着瑞秋，两人重修旧好，瑞秋也放弃了巴黎的工作。经历了十年间风风雨雨，大家分别离开公寓，都留下自己的一把钥匙......
醒来时，6名男子被关在废弃仓库里。脖子上挂着不常见的项圈…。正在混乱的时候，仓库里的狗玩偶突然开始说话了。在那只自称AI的狗的企图下，参加了“心跳就会死”的不可思议的实验。能活着逃离这里的只有一个人！他们迎来的结局是……
