主线围绕第一集大结局搬来的黑人主妇“贝蒂·爱波怀特”。她在地下室建了一个牢房，关了一个看似非常危险的人。后来知道这个人其实是她的大儿子，杀了二儿子的女友，贝蒂不想让儿子被抓，又怕他继续伤人，便把他关了起来。然而，真相并非如此……至于其他几名主角，苏珊麦克分分合合纠缠不清；伊蒂和卡尔好上了，而卡尔希望跟苏珊复合；布丽沉浸在丧夫之痛中无法自拔，还要面对变态药剂师的追求；勒奈特回去工作；盖比和卡洛斯的婚姻历经一系列波折走向破裂。
大家继续探索孤岛的秘密，寻找脱身方法，没想到的是，岛上竟然存在组织严密、早就在此生活的“其他人”。“其他人”将杰克（马修·福克斯MatthewFox饰）、凯特（伊万杰琳·莉莉NicoleEvangelineLilly饰）、索亚（詹姆斯·福特JamesFord饰）抓进了监狱，他们设法逃脱，帮助杰克逃脱的是“其他人”中一个叫朱丽叶特的女人（伊丽莎白·米切尔ElizabethMitchell饰），她跟着杰克来到营地，又揭露了岛上存在过的“达摩计划”，而今“其他人”的领导者本（迈克尔·爱默生MichaelEmerson饰）正是曾摧毁“达摩计划”的人。朱丽叶特到达营地，似乎带着本赋予她的使命，即带走幸存者中的孕妇……
