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影片改编于真实的故事，1994年一位记者首次将一个被错误判了通奸罪的索拉雅投石处死的详细资料公布于世。曾获奥斯卡提名的美国女演员索瑞·安达斯鲁扮演被处死者的好友，她冒着巨大的风险让世人知道自己朋友索拉雅被残害致死的真相。

该影片讲述了由于人类的过度开采，导致资源枯竭，地球环境恶化，人类移居太空，主角裴鸿萧受命带领队友在净化地球过程中与地球上危险的变异生物斗智斗勇，独自背负重任，突破重重险恶困境，以及秘密执行寻找转化空间站水污染芯片任务的故事。

正就读中学的少年迈尔斯（沙梅克·摩尔ShameikMoore配音）意外被一只遭受放射性污染的蜘蛛咬伤，随后身体发生奇特的变化。偶然机缘，他目睹了蜘蛛侠（克里斯·派恩ChrisPine配音）和犯罪头目金并（列维·施瑞博尔LievSchreiber配音）的战斗。为了阻止金并利用时空对撞机扰乱宇宙，蜘蛛侠最终壮烈牺牲。可未过多久，来自平行宇宙的颓废的彼德·帕克（杰克·约翰逊JakeM.Johnson配音）出现在迈尔斯面前。为了阻止金并的阴谋，并帮助这个帕克返回自己的宇宙，他们闯入金并的老巢。在这一过程中，二人遭到章鱼博士和徘徊者的狙击。与此同时，来自其他宇宙的女蜘蛛侠、暗影蜘蛛侠、蜘猪侠、二次元蜘蛛妹相继出现。他们合力与恶势力展开斗争……