哆啦A梦与大雄驾驶具有时光跳跃机能的“时光齐柏林飞船”，为了寻找自古以来许多冒险家梦寐以求的亚特兰提斯和龙宫城等每个人都曾想像过的梦幻乌托邦，在空中展开了一场大冒险。
一名代号 13 的杀手在一次任务中险些失手，之后她被自己所属的组织“阴影”所停职。在一段时间后，这位杀手遇到了Monji，一个不幸失去母亲的小男孩。在Monji意外失踪后这位杀手开始了寻找Monji的路途，她甚至不惜对抗她所属的组织。
为了解开“世界上最黑暗、最邪恶的画”中的谜团，漫画家岸边露伴造访了法国卢浮宫，那里正有许多可怕的事件在等待他。
