某个雨夜，澳门司警「刑侦组」督察乐一言的独生女儿乐嘉琪被发现伏尸郊外。警方凭着尸体体内的精液及DNA，逮捕了乐嘉琪的同班同学邱俊文。乐一言自女儿死后黯然离开警队，本以为一切结束，可是在疑犯被判入狱的一个月后，澳门再接连有少女被残忍杀害。乐一言开始怀疑，杀害女儿的真凶仍然逍遥法外。
马来西亚爆发神秘传染病，当地药业公司AMANAH研究的特效药MD5成为救助病患的神丹妙药。可是一直跟踪报道该疾病的记者宋丹文意外死亡，跟着AMANAH总裁张日善（郑则仕 饰）的儿子在办公室自杀身亡。经警方调查，张公子纯系他杀。与此同时，张公子的妻子彭珍美（周秀娜 饰）秘密跑到香港，她随身携带的机密引起多方势力的争抢。香港警察王大伟（吴镇宇 饰）与马来西亚皇家警察警长李永勤（张智霖 饰）接头，协助调查这一系列案件。不久后，王大伟收到一段视频，视频录制者自称“泄密者”指控AMANAH是绝命病毒的始作俑者，而张日善的二儿子更落到他们手中。 与死神争分夺秒，李永勤和王大伟展开夺命追查……
唯有间谍，才能追捕间谍。 特工乔治·伍德豪斯（迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰）的妻子凯瑟琳（凯特·布兰切特 Cate Blanchett 饰）被怀疑背叛国家，乔治面临着终极考验——对婚姻还是国家忠诚。
