此剧讲述了得知患上癌症的女人，她觉得“既然要死就杀个坏人再死”，然后遇见了人生最珍贵的一个人而展开的故事。
午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事…… 《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。
新东市岭水区税务局风控局局长郑昊（聂远 饰）运用大数据技术屡破要案，被调入稽查局担任检查二科科长；其前女友梁锦秋（杨蓉 饰），在异国打拼多年后也在此时回国发展事业；而与二人在大学期间称为“高智商铁三角”的财大教授赵明达（张铎 饰），正因女儿的病情陷入困境。看似祥和安泰的新东，暗处却有着一张巨大的以偷逃税牟利的犯罪网络，几人的命运被突如其来的种种境遇卷向了未知......
户部郎中齐学仁为官刚正不阿、一直不肯同流合污，幕后黑手连同他的上司户部侍郎柴毅一起栽赃嫁祸，令到银库里巨额白银不已而非，齐家一家被收监问斩。幸好义仆舍身从监房里换出了学仁的儿子齐百川（陈豪 饰），齐家才保留了一点血脉。目睹了家人和义仆被当众抄斩，百川悲愤不已。随后他流落街头、万念俱灰，一次偶然机会被当地最大的票号鼎丰盛东主乔本业（姜大卫 饰）看中，招入了鼎丰盛当学徒。进入鼎丰盛让百川看到了一个彻查全家被斩的冤案的机会，他化名子齐，一方面努力学习票号业务，一方面努力往上爬，为的就是有朝一日能借助鼎丰盛为全家翻案。另一方面，票号的大掌柜曹裕泰（刘丹 饰）一直想当上鼎丰盛的东主，连合鼎丰盛全国各分号的老帮逼宫，后被乔本业化解危机，不甘心的曹裕泰离开了鼎丰盛另立炉灶对抗鼎丰盛。乔本业一次偶然救了来自塞外的巴巴哈儿高娃（郭羡妮 饰）姐弟，两人随后也留在了鼎丰盛...
