枪神记讲述了基因锁作为一项神秘降临的超时代科技，它能促使人体机能在速度、力量、感官等得到空前强化。成功打开基因锁的人成为新时代的“特工”，而特工中的佼佼者们被称为——“枪神”。围绕基因锁这一新型军备，各势力激烈斗争，纷纷成立学院培育特工。随着实验的突破与应用，同时来自神秘种族的胁迫，更让世界逐步陷入战争的泥沼...战乱结束之后，神秘种族消逝殆尽，特工、枪神更成为无从证实的都市传说，仅剩的两大特工组织“深海”与“荒蛇”分别将基地迁移至海底和地下，互不相扰。然而一派和平景象下，实则危机四伏
冒险家赤间健一在德国探险时发现了一个大洞穴，洞穴通往一座建在附近的城堡。在城堡里面，赤间救下了被一群神秘人袭击的本乡秀树博士。本乡博士是未来科学研究所的领导人，而袭击他的人隶属毁灭了数个文明的暗黑科学帝国Death Dark。 与此同时，Death Dark建造的机械岛·暗黑巨大城死亡乌托邦从海底出现，开始征服世界。本乡博士为了粉碎Death Dark的阴谋，在此前已准备组成一支战队。经过电脑的挑选，赤间健一、黑田官平、青山三郎、黄岛太、桃园美树成为大战队的队员。正与邪的较量一触即发……
喜羊羊及灰太狼等一众守护者们为了提升能力，进入深山密林进行特训，他们分别找到了传说中的两所训练营，羊狼们分别进入不同的训练营，开始了各自神奇奇术和炫酷发明的训练生涯。训练过程中笑料频出，大家克服重重困难学到了本领，也建立起深厚的友谊，两大阵营联手迎击来自未知世界的反派，开启羊村守护者全新的篇章。
