東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
《百妖谱》第四季动画故事讲述，桃天带着小和尚磨牙、小狐妖滚滚和 桃都老邻居柳公子一起继续为了寻找失踪的百妖谱而云游四方， 在途中遇到暗刀、百知、风果、孰湖、枫生、趸鱼六个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症的故事。
