2万年前，人类精灵族将暴魔百族封印，但2万年后因人类对环境的污染，暴魔百族得以复活，暴魔大帝决心支配地球。于是大戎博士挑选5位来自武藏学园拥有神奇力量的学生组成＂高速战队＂
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
憧憬着像漫画一样展开故事的前辈北滨瑛二，以及擅长扮演不同类型角色的后辈七仓凛。在同一戏剧部的二人将如何擦出火花？七仓凛能以真实的“自己”向前辈传达自己的想法吗？
