在美丽的多多岛上,热心助人的托马斯是一辆可爱的火车头,他是一个完美主义者,最喜欢帮助别人,不过也常常因为过分热心而令自己卷入麻烦中.但是他乐观开朗,很快就会忘记不愉快的事,所以时常都是笑口常开,心情愉快.托马斯有很多的火车好朋友,他们团结友爱,互相帮助并且勤奋热情地工作,他们每天都会接载不同的乘客,因而发生了不少趣事,从中更认识到公平和友爱的重要。
故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
