午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事…… 《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。
母兼父职的单亲妈妈林敏辰（雅慧饰）在走投无路下，与面临青春期和叛逆期孩子的单亲爸爸赵梓尧（李南星饰）同屋共住，彼此从水火不容到互相扶持，帮助彼此解决与面对亲子问题以及生活困境，组成一个没有婚姻、血缘关系的另类家庭。
本季故事发生在首季的78年后。首尔，2024年。尹采玉（韩韶禧 饰）遇见长相酷似张泰尚的张浩载（朴叙俊 饰），悬而未决的谜团揭晓，命运又会如何捉弄两人？
