在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事发生在樱丘高中内，在开学典礼上，合田美樱（丰崎爱生 配音）和芹泽春晖（铃村健一 配音）相遇了。四散的樱花雨中，两人的身影在彼此的眼中留下了深深的烙印。之后，姻缘的红线将两人紧紧的联系在一起，他们一起上学放学，一起吃午餐便当，在天台上闲聊打发时光，虽然周围的朋友们都认为两人已经是在交往的情侣了，但只有他们两人自己知道，在两人之间，依然存在着无法跨越的鸿沟。 美樱是美术部的成员，在画画时往往沉浸在自己的世界中无法自拔。而春晖则加入了电影研究部，个性开朗乐观的他喜欢和朋友们聚在一起讨论当下最流行的电影。这个世界上存在着相互喜欢但无法表白心意的人吗？
