诗牛牛（张蒙鑫 饰）是班里不折不扣的刺头，经常跟同学和老师对着干，周围人对他愈发失去信心。毛叶（刘祐榕 饰）在班上向来沉默寡言，只专心在自己的本子上涂涂画画，也因此被班上同学排挤。一次巧合将两位被边缘化的孩子安排到同一个“特殊雅座”上，因此建立了深厚的友谊。恰逢校长的表妹粉提老师（刘盼 饰）要完成硕士毕业论文，需要实地调研学生的心理状态，两位“问题少年”进入她的视野，旁人眼里无药可救的差生，却有着不为人知的闪光点……
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
