一场集中营的秘密实验，制造出了前所未见的怪物……
职业杀手丹尼已经到了退休的年纪却依旧认为自己是业界翘楚，工作没什么进展的他正在追求俱乐部经理安娜。某天，丹尼突然接到组织的任务派遣，他对此非常激动，结果发现只是去训练新人威尔。而这个威尔虽然天赋异禀、能力出众却也有着十足的个性，难以驯服。这对错配的搭档被要求除掉犯罪集团的一个高层人员。虽然两人性格天差地别，互相看不顺眼，但为了任务却也将就地相互配合。而令组织没有料到的是，丹尼的经验加上这个小孩的才华，让两人之间建立起了一种意想不到的默契。而这种默契再加上安娜的重要帮助使得三人发现了组织的真正目的。他们发现其实组织是想完成自己内部的更新换代，不仅利用他们出掉对手，更是在之后就要替换掉他们仨人。得知真相的三人联手捣毁了组织。
民国初年，袁世凯的亲信、军阀宋孝贤妄图拥戴袁世凯称帝，遭到革命党人的坚决反对。二十年前受宋孝贤迫害而失散的一对孪生兄弟岳丰和东华在一次生与死的拼杀中相认，二人携手杀死了宋孝贤，报了家仇国恨。
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
故事围绕匈牙利出生的犹太建筑师拉斯洛·托斯与妻子埃尔兹贝特展开。他们在二战后逃离欧洲，前往美国重启他们的事业，并见证了现代美国的诞生。然而他们的生活被一名神秘而富有的客户改变了。
