真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
在回家的途中，一位商人（安德烈·杜索里埃 André Dussollier 饰）遭遇了罕见的暴风雪，昏天黑地之中，商人误打误撞来到了一幢豪华神秘的城堡前。商人在城堡中受到了贵宾般的优厚待遇，但直到最后，商人仍然不知道城堡的主人究竟是谁。暴风雪停歇了，商人准备离开，临走之前，他决定在花园中摘一朵玫瑰送给自己最喜爱的小女儿贝儿（蕾雅·赛杜 Léa Seydoux 饰），而令他没有想到的是，长相狰狞的野兽（文森·卡索 Vincent Cassel 饰）出现在了他的面前向他索命。 商人失魂落魄的回到了家，将自己的遭遇告诉了六个儿女，爱父心切的贝儿决定代替父亲，只身来到了城堡。然而，等待着贝儿的却并非死亡，而是更加盛情的款待，野兽对她唯一的要求，就是不要离开城堡半步。贝儿并不惧怕野兽，随着时间的推移，两人之间的关系越来越近。
