小贩陆云生（吕良伟 饰）常为邻里抱不平，被租界总探氏黄金荣（郑则仕 饰）妻阿桂姐（斯琴高娃 饰）所赏识。未几，陆破获宋教仁被刺案真相，令黄名声大噪。黄对陆赏识，却招侯飞妒忌。陆、黄出面调息了军阀袁啸军劫取法国鸦片事件，发了财，变为大亨。由于黄误打了督军卢永祥之子，陆又去东北军军长毕树政处求情，还搭进了名妓老六（刘嘉玲饰），无奈卢、毕进一步勒索，被陆寻机反击。1927年，陆目睹国共反目，他反对镇压工人武装与屠杀共产党人；为了不被国民党利用，他打入商界，以经济力量与国民党抗衡......

　　程杰（任达华 饰）同妹妹程舒（叶玉卿 饰）以及妹夫唐俊（尹扬明 饰）联手开办赌场，哪知道贪婪的唐俊不仅背叛了程杰的信任，还成为了他的竞争对手。郭凯琳（关之琳 饰）是含着金汤匙出生的千金小姐，她一直深深爱慕着程杰，希望程杰能够成为自己的丈夫，和父亲共同成就一番霸业。
　　唐俊贪图妻子程舒的家产，实际上对她早已经没有感情，私底下结识了名为李思思（叶童 饰）的女子，两人之间产生了一段不伦的恋情。声势逐渐壮大的程杰遭到了同行的暗算，性命危在旦夕，索性得到了郭凯琳的拼死相护。郭凯琳的这一举动让对她本没有感情的程杰大为感动。

　　马如龙（郑丹瑞 饰）是一位经验丰富，精明强干的督查。某日，他在同学会上见到了曾经暗恋过的茱莉亚（关之琳 饰），此时的茱莉亚肤白貌美，风情比之从前有过之而无不及，而昔日的同学马友友，今时竟然成为了茱莉亚的上司，令马如龙感到十分眼红。
　　没想到，当夜，马友友被潜伏在家中的杀手彼得（黎彼得 饰）暗杀，茱莉亚是唯一的目击证人。事后，马如龙所在的重案组受理了此案件，马如龙更是作为卧底潜伏到了马友友生前工作的公司里，想要调查事件的来龙去脉。石津（李子雄 饰）是马如龙在警局的死对头，他恰巧被派往了茱莉亚身边，保护她的安危。

　　这部《雄霸天下》的故事紧接《岁月风云》展开。陆云生（吕良伟 饰）场面做大，他为人重情义不计开销导致入不敷出，遂计划涉足银行业，岂料上海各银行家集体抗拒。陆请动古羽（苗侨伟 饰）协助，终令银行家们低头服输……1937年，政府推行“新生活”运动，陆云生放弃鸦片生意带头戒毒，结果险些丧命，不久卢沟桥事变爆发，陆云生为支持抗战捐赠战机，却仍没有挽回上海沦陷的结局，是役更导致他众多门生身亡。陆云生为躲避日本人暂居香港，期间黄金荣（郑则仕 饰）留沪装傻；袁肃军（徐锦江 饰）投靠日军成为汉奸，陆云生只得派出阿山（汤镇业 饰）刺袁。
　　抗战终于胜利，陆云生有望成为上海市长，让他颇感欣慰，但冷酷的现实是他已失去利用价值，一代枭雄在不属于他的时代渐入穷途……

　　家辉与KK、ET等人喜好飞车，一次赛事中家辉邂逅少女阿雪。恶少金十二常对阿雪骚扰，家辉出头，与十二少结怨。家辉叔父张铁柱乃巡警，反对家辉动武，又威迫十二少停手，结果遭人袭击至重伤。家辉盛怒，率童党找十二少算帐……

　　大飞与黑豹都在洪爷主持的犯罪集团里工作，警方派卧底阿星搜集集团的犯罪证据，可惜被大飞识破了，星取得机密磁碟后，交给女友阿ANN，并叮嘱她马上离开香港，她返到吉隆坡后才知道阿星已被杀害。大飞一直与洪爷养子阿豪争宠，故指阿豪与差婆杨琳来往，阿豪只好承诺不管用任何手段，都会找回磁碟。阿豪估计磁碟落在阿ANN手中，所以到大马找阿ANN，而此时香港警方对阿星被杀一案，也非常关注……

　　汉（徐锦江 饰）、希、官、Bonnie（苑琼丹 饰）是四个银行劫匪。他们劫持了一辆运钞车，汉与希阻断追捕的警察，官和Bonnie在逃亡中遭遇小警察家辉（郭富城 饰），官不慎跌下机车，被家辉捉住。得知同伙落网，冷血的汉冲入警署，在众目睽睽之下枪杀官以灭口。
　　由于情节严重，警署将家辉和女警员珊调入重案组协助调查。二人与冤家对头的两位警探刘（刘青云 饰）和马合作，先从押运员入手，顺藤摸瓜至某卡拉OK厅。家辉与纯情女歌手敏（袁洁莹 饰）坠入情网。不久，更从敏处得知运钞车劫匪的线索……

　　友为人憨直，虽服务警队十年，有劳但无功。结婚七年，其妻在商界春风得意，与友生活习惯及思想行为距离愈来愈远，其妻卒不辞而别。友在查案中得知消息，大失常态，险些累及女警吴君如身陷险境，二人自此积怨……

　　扒手鹏（李子雄 饰）和强（郑浩南 饰）因为和为了凑钱与聋哑女友慧心（罗美薇 饰）结婚的飞贼伟（郭富城 饰）同时盯上了一条项链而不打不相识，项链最终被当地黑道小头目抢走，而三人也结为异性兄弟。因感警察不会被黑道欺负，三人投考警员，而最终只有鹏得以录用，虽然鹏渐渐疏远了两位兄弟，但仍依靠强、伟提供的线索，鹏及时保护了刚正不阿的黄探长（午马 饰），在警队脱颖而出，跟进一步与贪腐的上司合作，除掉了不配合收黑钱的黄探长。另一方面，强为了搭救被黑道绑架的伟，失手杀人，并向鹏自首入狱。不久强出狱，发现女友已被鹏夺走，三兄弟关系的裂痕愈发明显，而鹏阴毒的性格也开始渐渐显露……

　　离岛“长短洲”警署，特警组长何劲秋（吴元俊 饰）新官上任三把火，接连破获毒品窝子和赌局等案件，风头正劲。在追踪瘾君子大烟枪（张学友 饰）的途中，何巧遇当年同在九龙当差的队友任千行（万梓良 饰）。时任千行因涉嫌诈骗被驱逐出警察队伍，当发现有利可图时，他有意与何等人接近。
　　打扮光鲜、出手大方的任千行引起薪水稀薄的小警察们的好奇和羡慕，在得知任从事高利贷生意时，他们纷纷将自己的积蓄拿出。众多警员中，只有吝啬鬼包不平（秦沛 饰）按兵不动，这也让他躲过了任千行设下的金钱陷阱……

　　生活潦倒的穷鬼阿武（金城武）某次因为赌博被人殴打至重伤后，开始把生命看得一文不值，拿命赌命以八万元代价接了一宗杀人买卖。行动前因为获得八十万意外之财，阿武又爱惜起生命来，请了刚从监狱出来的女杀手卡雯（李若彤）代他完成任务。
　　卡雯无法对旧情释然，屡次要阿武去见有负于她的旧男友，否则拒绝行动，阿武于无奈之下听命，却在了解事实真相的过程中慢慢爱上了卡雯，然而任务必须进行，阿武开始犹豫是否再把卡雯替下来自己去杀人。

　　林益当年差多年，仍是散仔一名，心有不甘，时欲“发围”。此时林的外甥水牛从美国回来渡假，因帮助在酒吧邂逅的席梦思。因而令林、思及自己卷入一宗侵吞军火交易的罪行之中……

　　某雨夜，深圳一名妓女斯琴爱儿被女通缉犯叶小雁（吴倩莲 饰）狠狠的勒死了，小雁为的是得到斯琴爱儿的身份。小雁乔装成爱儿的样子，顺利通过了海关到达了香港，报失了身份证后，小雁成功取得了爱儿的身份。爱儿本身有个香港老公才得到了香港居民的身份，此时爱儿的老公也在苦苦等候妻子抵步。
　　小雁选中了嫖客陈启明（黎耀祥 饰），启明是个计程车司机，离异后把女儿交给母亲抚养很少过问。小雁首先把启明撞成残废，然后潜入了他的家中把他禁锢，详细询问了他的身世。怎料启明的母亲前往探望儿子，凶狠的小雁为了计划，把启明的母亲杀害了，更骗走了启明的女儿。
　　在小雁领取身份证当天，爱儿的丈夫发现了小雁的嫌疑，一直跟踪她至启明的家中。打斗中小雁的丈夫（陈豪 饰）出现了，原来他们夫妇俩同时通缉犯，并要得到启明的身份与他的双手……

　　中国香港留学生Ben（刘德华饰）与好友兼同学张直（庹宗华饰）、明仔在日本无心向学，却满怀斗志闯荡东瀛，只为能够出人头地。张直寻找青梅竹马的爱人不获，明仔搭上酒吧陪酒的老板娘，一心想成为山口组老大石川的妹夫。
　　Ben在此时偶遇出来陪酒赚外快的中国大陆女留学生铁男（钟楚红饰），二人结缘。
　　铁男与好友美美寄人篱下地住在地痞担保人的手下，受尽凌辱，终有一日铁男忍受不住，独自出走......

　　城中发生一宗谋杀案，案中死者为一名精神科医生，警方估计杀人的动机，是有人想隐藏一些事实。即将结婚的Mike（张国强 饰），是一名年青干探，他接手调查此命案。但在追查过程中发现自己竟与命案扯上关系，而他的副手阿德（黄光亮 饰）亦在多位证人口供上认定凶手是Mike，在百思不解的案情里，究竟凶手是谁... ...

　　心理医生敏及其助手迪在回家路上被暴徒伏击，差点惨遭蹂兰，幸好敏机智逃脱，并及时报警才幸免於难。闻讯前来采访的电视记者兼当节目主持瑜并因此与敏成为好朋友。二人希望通过自己的力量和努力去帮助社会上更多弱势和需要帮助的人，以达到惩恶扬善的目的，却没想到正有另一种危险在一步一步地向她们逼近……

　　一个女杀手CO CO（温碧霞 饰演），扮相一如既往的风情妩媚，很迷人，她的搭档是神爷（郑浩南 饰演）和小四，后来干了一票买卖后，三人逃往另一个城市，神爷迷上了毒品无心恋战，小四年轻气盛与神爷大吵了一架后与当地的黑社会混在一起了，还被对方利用害死了神爷。coco 一直想摆脱杀手的流浪空虚生活，想过平淡的日子，结识一个帅气单纯的大学生念祖，两人恋爱了，但最终还是被黑社会集团追杀。后在小四的帮助下，除掉了敌人，与念祖一起离开了。…

　　纵横江湖二十年的黑帮大佬任因久（梁家辉 饰）树敌无数，因此屡遭他人暗算，并得知有人要在24小时内取他性命。任因久即刻以“江湖告急”的名义，传令召开江湖大会，势必找出谁要害他。

　　重案组探员阿琳（麦家琪饰）美貌出众，但却冷若冰霜，原因是亲姊阿佩惨死于变态杀手下的惨剧，仍缠绕在她深心处。
　　有“新午夜屠夫”之称的变态杀手最近四出犯案，令少女人人自危；阿琳虽然认定“新午夜屠夫”跟亲姊阿佩的死有莫大关连，但由于调查手法有违纪律而被勒令停职，无法进一步调查。停职期间，阿琳结识了退出影坛的超级明星Tim，二人情投意合，感情一日千里。
　　正当阿琳沉醉于二人世界之中，却不知已逐步堕进“新午夜屠夫”的陷阱当中……

　　香港最顶级的投资银行内有巨额黑钱下落不明，于此牵连的黑帮和警方均介入调查此事，最终，事件的焦点汇聚到了助理总经理康妮（宁静 饰）的身上，一时之间，康妮成为了众矢之的，无时不刻都有着死在黑帮的暗杀之下的可能。
　　无奈之中，康妮的男友比利（路思明 饰）向前黑帮头领鬼叔（刘兆铭 饰）发出了求救信号，鬼叔派出得力干将尼克（黄浩然 饰）、大师兄（吴廷烨 饰）和阿飞（骆力炜 饰）等人保护康妮，与此同时，一行人亦在马不停蹄的发掘事件的真相。曾经，尼克和康妮之间有着一段未了的情缘，此次两人再度相遇，难免旧情复燃，数度险情之后，尼克开始怀疑，比利和大波之间也许有着不可告人的交易。

　　宋平为人善良，在一个阴差阳错品尝过杀人滋味后，竟怀有为民除害的情况下毒杀十恶不赫的王金雄，事件惹来黑帮和警方注意，宋害的使命，逐继续策划另一次行动，而他的活动又被记者坚看中并作为小说题材，宋平是他的读者，两人逐渐将小说转为研究杀人的园地，最后警方要在坚的小说里寻找凶手线索。

　　干探宝毅在一次侦查的绑票案中，竟连带发现女友永欣横尸现场，连同患有心漏症，突然心脏病发普需要换心来延续生命的绑票案受害人Maggie一同赶往医院抢救，刚好永欣和Maggie都拥有非常罕有的特别血型，永欣的心便移植到Maggie身上。病愈后，Maggie便失去了那次经历的大部份记忆，而内心常有不可理解的奇异影像，且对宝毅有著莫名的好感。同时，外表阴沉的见习心脏科医生牧狄，私底下埋首於频死经历的研究中,更希望能说服Maggie尝试接受催眠，以探索她那段空白记忆的秘密。命案接二连三发生，作案手法跟以往相似，Maggie的心灵感应能够预知事情，普感受到被害者的恐惧与痛苦，追查下，宝毅发现牧狄与自己最相信的法医言竟然牵涉案中，此时Maggie感应到自己会是下一个受害人……

　　职业杀手唐（古天乐 饰）因杀人罪被捕，在狱中度过了漫长的十二载。刑满释放后的唐暗暗下定决心，要与过去划清界限，在余生里做一个好人。可是，唐曾经的好友陈雄（任达华 饰）和马克斯（张智霖 饰）却并不愿意就此放过他，他们希望唐能够再度出山，做掉菲律宾总统候选人。
　　对于好友的非分之请，唐断然拒绝，可是之后，候选人还是被害身亡，不仅如此，现场遗留的证据表明，唐就是凶手，一时间，唐遭到了警方的缉捕。在女记者安妮（蔡少芬 饰）的帮助下，唐开始了惊天大逃亡，与此同时，查出真凶与揭露陈雄罪行的重任亦落到了唐的肩头，唐能够洗刷自己身上的不白之冤吗？