在东京的教会大学「立明教学园」上学的男主角水村心太，自少便成为孤儿的他，与自己幼驯染槙村千鹤一同上学，过著平凡普通的学园生活。可是某一天，一位罗马尼亚的混血女生岸本莉莉丝却突然转入「立明教学园」并使心太的生活产生了急剧的转变。原来，心太本身不但是一名吸血鬼猎人，而且还是雷莫德一族(就是吸血鬼猎人中最盛名者)的唯一继承者，与身份充满谜团的莉莉丝，两人的命运将使他们作出残酷的选择。

　　在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。在妖馆中，每一个返祖妖怪都会配有一位被称为SS的护卫，白鬼院凛凛蝶（日高里菜 配音）和御狐神双炽（中村悠一 配音）的故事就由此开始。
　　在妖馆中，还居住着另一些有趣的住客。性格优哉游哉但其实有着意外细腻内心的反之冢连胜（细谷佳正 配音）和他的护卫雪小路野蔷薇（日笠阳子 配音）；不良正太渡狸卍里（江口拓也 配音）和他的护卫夏目残夏（宫野真守 配音）；狂放不羁甚至有些变态的青鬼院蜻蛉（杉田智和 配音）和他倒霉的护卫髅髅宫歌留多（花泽香菜 配音）。在和这些同类相处的过程中，凛凛蝶找回了久违的快乐，同时，返祖妖怪们丢失的记忆也逐渐的浮出了水面。